估计给定系统发育树上物种形成或合并事件的相对顺序
组合数学
2007-05-23 v1 概率论
种群与进化
摘要
从违背时钟式进化的数据中重建大型系统发育树（或作为由任意 m 棵输入树构建的超级树）给生物学家提出了一个难题——如何为树的顶点赋予相对日期？在本文中，我们假设树的内部顶点顺序上服从均匀分布（包含但比流行的 Yule 树分布更一般）来研究此问题。我们推导出快速算法，用于计算 (i) 树中任一给定顶点是第 j 次物种形成事件（对每个 j）的概率，以及 (ii) 任一给定顶点在树中早于另一个给定顶点的概率。我们展示了第一个算法如何用于计算在常速率物种形成模型或合并模型下生成的任意给定树中任一给定内部边的期望长度。
引用
@article{arxiv.math/0610840,
title = {Estimating the relative order of speciation or coalescence events on a given phylogeny},
author = {Tanja Gernhard and Daniel Ford and Rutger Vos and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:math/0610840},
year = {2007}
}