关于 Yule 树上字符演化 Markov 模型的种间相关性分布
种群与进化
2014-08-18 v3
摘要
重建系统发育树和理解进化过程的努力从根本上依赖于物种形成和突变的随机模型。系统发育树中最简单的连续时间物种形成模型是 Yule 过程，其中新物种以恒定速率从现有谱系中“诞生”。最近的工作阐明了 Yule 树的一些结构性质，但这些性质如何影响在系统发育树末端观察到的序列和性状模式仍大多未知。在简单的进化模型下理解物种形成与突变之间的相互作用，对于推导有效的系统发育推断方法至关重要，并为系统发育研究的最优设计提供见解。在这项工作中，我们推导了 Yule 树上表型变化的布朗运动和 Ornstein-Uhlenbeck 模型下的种间协方差概率分布。我们计算了在离散 Markov 突变模型下，Yule 树中两个随机选择的分类单元之间共享突变数量的概率分布。我们的结果提出了系统发育信息含量的摘要度量，阐明了相关生物序列或性状中位点模式之间的相关性，并为实验设计和系统发育树的重建提供了启发式方法。
引用
@article{arxiv.1403.4223,
title = {On the distribution of interspecies correlation for Markov models of character evolution on Yule trees},
author = {Willem H. Mulder and Forrest W. Crawford},
journal= {arXiv preprint arXiv:1403.4223},
year = {2014}
}