考虑选择、种群大小变化与演化种群结构的推断：ABC 在带互作的前向-后向溯祖过程中的应用
种群与进化
2020-07-28 v2 概率论
应用统计
摘要
遗传数据常被用于推断种群历史与变化，或检测受选择的基因。推断方法通常基于作出各种强假设的模型：种群动态与种群结构被假定为先验已知，种群遗传组成的演化不影响种群动态与种群结构，且遗传品系之间及内部不存在选择或互作。本文中，我们提出一个带有竞争互作与无性繁殖的随机生灭模型。我们针对生态、种群与遗传参数开发了一套推断流程。我们首先展示了遗传多样性与谱系如何依赖于出生率、死亡率，以及个体在品系内部与品系之间的竞争方式。这引导我们提出一个具有性状结构与互作的原创谱系模型，该模型允许多重合并。其次，我们开发了近似贝叶斯计算（ABC）框架，以利用我们的模型分析遗传数据。我们将该流程应用于一个玩具模型的模拟数据，并通过分析采自中亚人类群体的 Y 染色体微卫星遗传多样性真实数据，检验不同社会组织是否表现出显著不同的生育力。
引用
@article{arxiv.1910.10201,
title = {Inference with selection, varying population size and evolving population structure: Application of ABC to a forward-backward coalescent process with interactions},
author = {Clotilde Lepers and Sylvain Billiard and Matthieu Porte and Sylvie Méléard and Viet Chi Tran},
journal= {arXiv preprint arXiv:1910.10201},
year = {2020}
}