利用 DIYABC 推断种群历史：一种用户友好的近似贝叶斯计算方法
种群与进化
2008-10-08 v2
摘要
从种群样本获得的遗传数据传达了其进化历史的信息。推断方法可以提取这些信息（至少部分），但它们需要复杂的统计技术，而这些技术仅在涉及少量样本的简单和标准情况下，才通过计算机程序提供给生物学家群体。我们在此提出了一种基于近似贝叶斯计算（ABC）的推断计算机程序（DIYABC），用户可自定义场景以适应涉及任意数量种群和样本的许多复杂情况。此类场景涉及种群分歧、混合以及逐步种群规模变化的任意组合。DIYABC 可用于比较竞争场景、估计一个或多个场景的参数，并计算给定场景和已知参数值下的偏差和精度度量（当前版本适用于非连锁微卫星数据）。本文描述了程序中使用的关键方法并提供了其主要功能。对一个模拟数据集和一个真实数据集（均具有复杂的进化场景）的分析，阐明了 DIYABC 的主要可能性。
引用
@article{arxiv.0804.4372,
title = {Inferring population history with DIYABC: a user-friendly approach to Approximate Bayesian Computation},
author = {Jean-Marie Cornuet and Filipe Santos and Mark A. Beaumont and Christian P. Robert and Jean-Michel Marin and David J. Balding and Thomas Guillemaud and Arnaud Estoup},
journal= {arXiv preprint arXiv:0804.4372},
year = {2008}
}
备注
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