模型不充分性与性状依赖成种率的错误推断

物种丰富度在整个生命之树中变化巨大，识别影响物种增殖速率的生态、地理及其他因素备受关注。近年来，用于在系统发育树上明确建模性状状态、成种率与灭绝率之间关系的方法（如 BiSSE、QuaSSE、GeoSSE 及相关模型）已被广泛用于检验关于性状状态依赖的多样化速率的假设。在此，我们记录了中性性状被推断为与成种率具有统计显著关联的令人不安的容易程度。我们首先证明了这一不幸效应源于一个已知的模型假设违背：与模型中未包含的性状相关的成种率转变。我们进一步表明，对于许多实证系统发育树，在没有状态依赖多样化的情况下模拟的性状表现出更高的 I 类错误率，表明该方法易受其他未知的模型不充分性影响。对于进化缓慢的性状，其根本原因似乎在于统计框架不要求性状状态与多样化发生重复转变。然而，即使对于缺乏系统发育信号的性状，也会出现性状状态与成种率之间的虚假关联，这表明仅凭系统发育伪重复无法完全解释该问题。这一现象的惊人严重程度表明，文献中报道的许多性状 - 多样化关系可能并非真实存在。更广泛而言，我们强调了诊断和理解系统发育比较方法中模型不充分性后果的必要性。