出生-死亡模型下无秩与有秩异常区的概率

比与物种树匹配的标记基因树拓扑更可能的标记基因树拓扑被称为异常（anomalous）。能够产生此类异常基因树的物种树被称为处于异常区（anomaly zone）。此处考虑了多物种合并模型下无秩（unranked）与有秩（ranked）基因树拓扑的概率。有秩树不仅像无秩树那样描绘基因谱系之间的拓扑关系，还描绘了谱系合并的顺序。在本文中，我们研究了在恒定速率出生-死亡过程下模拟的物种树参数如何影响该物种树处于异常区的概率。我们发现，当分类单元多于五个时，物种树可能同时具有 AGT（异常基因树）和 ARGT（异常有秩基因树）。处于任一类异常区的概率随分类单元增多而增大。AGT 的概率也随分化率升高而增大。我们观察到，随着分化率增加，无秩异常区的概率更高且增长远快于有秩异常区的概率。我们的模拟表明，最可能的有秩基因树很可能具有与物种树相同的无秩拓扑。我们设计了软件 PRANC，可在合并模型下给定物种树计算有秩基因树拓扑的概率。