蛋白质中的动力学转变与自洽简正模式分析中低频模式的非高斯行为
生物物理
2013-05-29 v2
摘要
我们将自洽简正模式分析应用于c型细胞色素f，以研究温度依赖的蛋白质运动。经典简正模式分析假设谐波行为，蛋白质均方位移与温度呈线性关系。这仅与低温实验结果一致。为了连接低温与生理温度下的蛋白质振动运动，我们将一组拟合的非谐势引入自洽简正模式分析。此外，我们使用量子谐振子理论计算了单个振动模式的位移分布。我们发现，涉及软键的模式在生理温度下表现出显著的非高斯动力学，这可能是弹性非相干中子散射探测到的蛋白质运动非高斯行为的原因。该组合理论展示了一种由低频区域（<50 cm^-1或<6 meV或>0.6 ps）中少数“扭转”模式的软化引起的动力学转变。这些模式在加热时从高斯分布转变为经典分布。我们的理论为理解蛋白质动力学转变的微观起源提供了一种替代途径。
引用
@article{arxiv.1005.4424,
title = {The dynamical transition in proteins and non-Gaussian behavior of low frequency modes in Self Consistent Normal Mode Analysis},
author = {Jianguang Guo and Timo Budarz and Joshua M. Ward and Earl W. Prohofsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:1005.4424},
year = {2013}
}
备注
17 pages, 6 figures, 1 table