马达蛋白中机械化学运动的非线性
生物大分子
2010-06-21 v1
摘要
蛋白质分子对热噪声或结构扰动（如配体结合或解离）的线性响应假设被广泛用于蛋白质动力学研究中。蛋白质中的构象运动传统上以简正模式进行分析，此类大分子中热涨落的实验数据也通常用简正模式的激发来解释。我们选择了两种重要的蛋白质马达——肌球蛋白V和驱动蛋白KIF1A——并在粗粒化弹性网络近似下对其构象弛豫特性进行了数值研究。我们发现，线性假设对于配体诱导的构象运动是不足的，甚至对于特征热涨落也可能被违反。这种不足在KIF1A中尤为明显，其中简正模式描述完全无法描述功能性的机械化学运动。这些结果表明，蛋白质动力学理论的重要假设可能需要重新考虑。无论是单个简正模式还是这些模式的叠加，都无法近似强非线性动力学。
引用
@article{arxiv.1006.1439,
title = {Nonlinearity of Mechanochemical Motions in Motor Proteins},
author = {Yuichi Togashi and Toshio Yanagida and Alexander S. Mikhailov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1006.1439},
year = {2010}
}
备注
10 pages, 6 figures