简化蛋白质模型低温性质的表征
统计力学
2014-01-24 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
受先前结果显示一个简单蛋白质模型——受挫 Gō 模型——似乎表现出类似蛋白质动力学转变的启发，我们检验了该模型描述蛋白质低温性质的有效性。首先，我们考察平衡涨落。我们计算了其非相干中子散射结构因子，并证明其可由基于单声子近似的理论很好地描述。通过进行固有结构分析，我们评估了低温下能态之间的转变。然后，我们考察蛋白质在突然冷却后的非平衡涨落。我们研究了涨落-耗散定理的违背，以分析蛋白质玻璃化转变。我们发现，淬火蛋白质的有效温度偏离了恒温槽的温度，但随着等待时间的增加，它以阿伦尼乌斯行为弛豫至实际温度。这些平衡与非平衡研究的结果共同指向一个结论：该粗粒化模型的表观动力学转变不能归因于玻璃化行为。
引用
@article{arxiv.1401.5954,
title = {Characterization of the low temperature properties of a simplified protein model},
author = {Johannes-Geert Hagmann and Naoko Nakagawa and Michel Peyrard},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.5954},
year = {2014}
}