用多重正则算法预测核糖核酸酶 A 的 C-肽三级结构
化学物理
2007-05-23 v1 生物物理
q-bio
摘要
我们对核糖核酸酶 A 的 C-肽进行了多重正则蒙特卡洛模拟。由 CD 和 NMR 实验已知该肽在水溶液中具有高 α-螺旋含量，且残基 Glu-2 和 His-12 的侧链电荷在 α-螺旋稳定性中起重要作用。为证实这些实验暗示，我们采用了具有 Glu-2 和 His-12 带电与中性侧链的该肽的两种类似物。考虑了距离依赖和常量两种介电函数以研究溶剂贡献的效应。所有模拟均从随机初始构象开始。计算了诸如平均螺旋度随残基数的函数和两测链间平均距离随温度的函数等多种热力学量。发现结果与 CD 和 NMR 实验的暗示相符。所得最低能量构象具有从 Ala-4 到 Gln-11 的 α-螺旋，与由核糖核酸酶 A 的 X 射线晶体学实验推导的相应结构完全一致。表明由 NMR 和 X 射线实验均已知存在的 Glu-2 和 Arg-10 侧链间的盐桥仅在侧链适当带电时形成。当使用距离依赖介电函数时其形成大大增强。
引用
@article{arxiv.physics/9806017,
title = {Tertiary structure prediction of C-peptide of ribonuclease A by multicanonical algorithm},
author = {Ulrich H. E. Hansmann and Yuko Okamoto},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/9806017},
year = {2007}
}
备注
Latex, 3 Figures