溶剂化在压力诱导螺旋稳定中的作用
软凝聚态物质
2015-03-13 v1 生物物理
生物大分子
摘要
与众所周知的高压使球状蛋白质不稳定的情况相反，近期工作表明压力稳定了孤立 {\alpha}-螺旋的形成。然而迄今为止所有模拟在实验压力范围内都得到了定性相反的结果。我们表明，使用与精确水模型（TIP4P/2005）联合参数化的蛋白质力场（Amber03w）可恢复正确的压力依赖性，以及类似于实验的螺旋形成总体稳定性相图；另一方面，我们确认使用 TIP3P 水会导致对螺旋非常弱的压力去稳定化。通过仔细分析贡献因素，我们表明这不仅仅是使用 TIP3P 采样的不同肽构象的结果。相反，溶剂本身在决定总系统体积（肽和溶剂）对螺旋含量的依赖性方面起着关键作用。相对于两种水模型，螺旋肽结构对水排除的体积较小，但使用 TIP3P 水在低到中等压力下螺旋构象的总系统体积高于非螺旋构象，这与 TIP4P/2005 水相反。我们的结果进一步强调了使用精确水模型研究标准温度和压力以外条件下的蛋白质折叠的重要性。
引用
@article{arxiv.1503.03716,
title = {Role of solvation in pressure-induced helix stabilization},
author = {Robert B. Best and Cayla Miller and Jeetain Mittal},
journal= {arXiv preprint arXiv:1503.03716},
year = {2015}
}
备注
Main text + SI included