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蛋白质构象涨落与水合水之间的动态耦合:生物水的异质动力学

生物大分子 2017-08-04 v2 统计力学 化学物理

摘要

我们通过选择常用作天然探针的残基,即位于蛋白质表面不同位置且具有不同溶剂暴露程度的色氨酸、酪氨酸和组氨酸,研究溶剂化动力学中水与氨基酸侧链残基之间的动态耦合。发现这些位置不同的残基表现出不同的弛豫时间尺度。由探针测得的总溶剂化响应根据其(i)与蛋白质核心、(ii)侧链原子以及(iii)水分子的相互作用进行分解。由于侧链辅助的能量在蛋白质核心和水化层之间流动,观察到这些贡献之间存在显著的反交叉相关,这对蛋白质的正常功能十分重要。还观察到存在比本体溶剂旋转更快和更慢的水分子,它们被认为是溶剂化动力学中观察到的多种时间尺度的原因。我们还确定慢溶剂化的重要贡献来自蛋白质侧链波动。当蛋白质侧链的运动被强制淬灭时,溶剂化根据探针位置的不同而变得更快或更慢。

关键词

引用

@article{arxiv.1701.04861,
  title  = {Dynamical coupling between protein conformational fluctuation and hydration water: Heterogeneous dynamics of biological water},
  author = {Sayantan Mondal and Saumyak Mukherjee and Biman Bagchi},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1701.04861},
  year   = {2017}
}

备注

12 pages and 6 figures(coloured)