组分溶液中的组氨酸结构-动力学行为：水模型的作用
生物大分子
2026-01-09 v1
摘要
通过分子动力学方法研究了高度稀释的组氨酸溶涶，分别采用 TIP3P 和 SPC/E 水模型。结果表明，溶涶中组氨酸周围的局部结构由局部库仑相互作用和氢键决定，与水模型的选择无关。基于均方位移函数的动力学分析揭示，组氨酸的扩散行为对水模型有显著依赖。发现 TIP3P 水模型会高估水和组氨酸的扩散系数，并导致扩散运动模式的转变；SPC/E 水模型则表现出较慢的溶涶动力学，其扩散系数值更符合实验数据。组氨酸的动力学对水模型选择高度敏感，SPC/E 模型更适合在生理条件下正确描述“组氨酸-水”系统的动态特性。
引用
@article{arxiv.2601.04874,
title = {Structural-dynamic behavior of histamine in solution: the role of water models},
author = {Dmytro A. Gavryushenko and N. Atamas and Oleg K. Myronenko},
journal= {arXiv preprint arXiv:2601.04874},
year = {2026}
}