水模型对水通过 AQP1 运动的影响
软凝聚态物质
2021-11-03 v2
摘要
水通过膜蛋白的扩散是细胞功能的关键方面。细胞代谢的基本过程由渗透压驱动,而渗透压依赖于水通道。水通道蛋白(AQPs)等膜蛋白负责实现水穿过细胞膜的运输。AQPs 具有高度选择性,仅允许水及相对较小的极性分子跨膜。实验上,估计通过膜蛋白的水通量仍具挑战性,因此精确模拟水运输尤为重要。我们提出一项关于水通过 AQP1 扩散的数值研究,比较了三种水模型:TIP3P、OPC 与 TIP4P/2005。计算并比较了所有模型中的本体扩散、扩散渗透性与渗透渗透性。结果表明,TIP3P(一种在生物系统模拟中特别广泛使用的模型)与较新开发的 TIP4P/2005 和 OPC 模型之间存在显著差异。我们证明,OPC 与 TIP4P/2005 在蛋白-水相互作用与动力学方面与实验数据高度吻合。由本研究可见,水模型的选择对计算所得的水动力学及其在生物纳米孔内的分子行为具有显著影响。
关键词
引用
@article{arxiv.2101.06965,
title = {Influence of water models on water movement through AQP1},
author = {Miguel A. Gonzalez and Alberto Zaragoza and Charlotte I. Lynch and Mark S. P. Sansom and Chantal Valeriani},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.06965},
year = {2021}
}