侧链与主链在高聚物中的有序化
统计力学
2007-05-23 v1
摘要
为研究蛋白质中主链与侧链有序化之间的关系，我们对多自由度模拟的十肽链进行了研究，选取不同的侧链。Glu10、Gln10、Asp10、Asn10和Lys10被选择以覆盖单体侧链之间可能的各种相互作用。所有高聚物都发生螺旋-匝转相变。我们发现，具有长而能够形成氢键的侧链的肽类（即Glu10和Gln10）在低温处表现出第二次相变，与侧链有序化相关联。这一现象在气相和溶液中均存在，尽管侧链结构的特征在不同环境下各不相同。然而，在侧链能够形成氢键且较短的聚合物（即Asp10和Asn10）中，侧链有序化跨越较大的温度范围，且不存在类似相变的特征。此外，非主链氢键在螺旋-匝转温度处即表现出增强的形成与波动，表明侧链与主链氢键形成之间存在竞争。这些结果在不同环境下均呈现出相同的定性特征。Lys10中侧链有序化也在较大的温度范围内进行，且在两种环境下均不存在类似相变的特征。对观察到的链长阈值以及这些结果对蛋白质折叠的影响进行了讨论。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0611064,
title = {Side-chain and backbone ordering in Homopolymers},
author = {Yanjie Wei and Walter Nadler and Ulrich H. E. Hansmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0611064},
year = {2007}
}
备注
12 pages,11 figures