超螺旋敏感基因启动子区核苷酸序列的结构属性：如何将微阵列表达数据与基因组序列相关联

染色体中的超螺旋水平会影响基因表达。为了阐明超螺旋敏感性的基础，我们分析了大肠杆菌（E. coli）中因染色体超螺旋缺失而导致表达增强或减弱的基因，其启动子附近核苷酸序列的结构特征。对超螺旋敏感基因启动子序列的傅里叶分析显示，松弛诱导基因倾向于选择螺旋周期性接近 10 nt 的序列，而松弛抑制基因则倾向于选择接近 11 nt 的序列。我们还研究了由不同$\sigma$因子的 RNA 聚合酶识别的启动子子集中的螺旋周期性。我们开发了一种特殊程序，用于研究启动子序列中周期性强度与相应基因表达水平之间的相关性。表达水平与 AT 含量以及约 10、11 和 50 nt 的 AT 周期性之间的显著相关性，表明了它们在超螺旋敏感基因调控中的作用。