用于双链 DNA 成环的自回避蠕虫状链模型
生物物理
2015-06-22 v2 软凝聚态物质
摘要
我们首次计算了排除体积效应对双链 DNA 形成环的概率的影响。我们利用蒙特卡洛 (Monte-Carlo) 算法生成大量自回避蠕虫状链系综，用于计算不同长度尺度下的 J 因子。在熵主导区，我们确认了标度理论预测的 -1.92 次幂律衰减，这显著强于非自回避蠕虫状链模型预测的 -1.5 次幂律。在弹性区，我们发现与角度无关的端到端链分布具有高度各向异性。这种各向异性结合排除体积约束，使得自回避蠕虫状链的 J 因子相较于其非自回避对应物增加了约半个数量级。这种增加可以部分解释近期环化实验中的反常结果，即在那些实验中发现短双链 DNA 分子具有更高的成环倾向。
引用
@article{arxiv.1408.5603,
title = {Self-avoiding worm-like chain model for dsDNA loop formation},
author = {Yaroslav Pollak and Sarah Goldberg and Roee Amit},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.5603},
year = {2015}
}
备注
17 pages, 9 figures