天然蛋白质中的屏蔽非键相互作用操控鲁棒残基通讯的最优路径
软凝聚态物质
2007-06-13 v1
摘要
蛋白质结构被表示为残基网络，其中边由分子内接触决定。我们通过为每条边分配由氨基酸对势决定的权重，将这些网络引入不均匀性。使用两种方法来计算对之间的平均路径长度（APL）：最小化（i）强 APL 中的最大权重，和（ii）弱 APL 中的总权重。我们系统地筛选具有高于截止势的边，并在这些缩减网络中计算最短 APL，同时保持链连通性。因此，在残基网络的选定区域引入的扰动仅沿着未屏蔽的边传播到远程区域，这些边保留了传播扰动的能力。仅包含最强少数非键对的计算得到的缩减均匀网络的最短 APL 与加权网络的强 APL 非常吻合。与随机连接对应物相比，缩减残基网络中 APL 的变化率保持恒定，直到达到下限。在进一步移除连接后，该性质表现出突然增加，趋向于无规线团行为。在不同的扰动情景下，会出现不同的最优路径以实现鲁棒的残基通讯。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0610765,
title = {Screened non-bonded interactions in native proteins manipulate optimal paths for robust residue communication},
author = {Ali Rana Atilgan and Deniz Turgut and Canan Atilgan},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0610765},
year = {2007}
}
备注
21 pages with 6 figures