蛋白质残基网络中的捷径网络
分子网络
2015-08-13 v1 离散数学
摘要
蛋白质残基网络（PRN）是蛋白质内相互作用氨基酸的网络。我们描述了 PRN 中一个更稀疏、高度中心且更易变的子网络（称为捷径网络（SCN））的特征，该描述在蛋白质于分子动力学（MD）模拟下折叠的过程中进行，旨在理解蛋白质如何在自身内部形成可导航的小世界网络。SCN 的边通过 PRN 上的局部贪婪搜索发现。随着蛋白质折叠，SCN 在规模和传递性强度上增长，且来自成功 MD 轨迹的 SCN 在这些方面形成得更好。本文给出了利用动态图论建模 SCN 形成方法的调查结果以及推进建议。SCN 富含短程接触，其形成与二级结构形成呈正相关。因此，我们建模 PRN 形成（实质是从图论视角看蛋白质折叠）的方法，更符合向随机图增加有序性的观念，而非相反；并且这种有序性的增加与 PRN 可导航性的改善相一致。
引用
@article{arxiv.1508.02798,
title = {The short-cut network within protein residue networks},
author = {Susan Khor},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.02798},
year = {2015}
}
备注
24 pages. arXiv admin note: text overlap with arXiv:1412.2155