蛋白质残基网络上的局部搜索

在蛋白质残基网络上执行了自回避随机游走。与具有随机链接的蛋白质残基网络相比，在（非随机）蛋白质残基网络中，游走成功的概率较低且成功游走的长度较短。较少的成功游走和较短的成功游走表明蛋白质残基之间具有更高的通信特异性，这可能是蛋白质拥有的有利属性。与各自对应的随机化网络相比，使用随机游走而非最短路径也在（非随机）蛋白质残基网络中产生了更低的节点中心性、更低的边介数和更低的边负载。我们在通信拥塞和网络脆弱性的背景下讨论了这些性质对蛋白质残基网络的影响。随机化蛋白质残基网络的网络聚类系数低于（非随机）蛋白质残基网络。因此，我们的发现也揭示了一个迄今为止被忽视的方面：蛋白质残基网络中高网络聚类的重要性。高聚类增加了网络局部搜索的可导航性，而在高度聚类的小世界网络拓扑（如蛋白质残基网络）上结合局部搜索过程，可减少通信拥塞和网络脆弱性。