预测蛋白质残基对之间的实值距离
生物大分子
2019-12-19 v2
摘要
从氨基酸序列预测蛋白质结构一直是生物物理学中具有理论和实际意义的挑战。尽管近期基于改进的残基-残基接触预测取得了进展，但基于接触的结构预测已逐渐触及性能天花板。已有新方法被提出用于预测残基-残基距离，但无一例外地将实值距离预测简化为多类分类问题。本文给出一种基于回归的距离预测方法，其采用生成对抗网络（GAN）来捕捉残基对之间精细的几何关系，从而能够令人满意地预测连续的、实值的残基-残基距离。所预测的残基距离图可通过 CNS 软件套件进行快速结构建模，并且在可用 CASP13 靶点测试时，所构建的模型至少达到与其他最先进（SOTA）蛋白质结构预测方法同等的质量水平。此外，该方法无需迁移学习即可直接用于膜蛋白的结构预测。
引用
@article{arxiv.1912.06306,
title = {Predicting the real-valued distances between residue pairs for proteins},
author = {Wenze Ding and Haipeng Gong},
journal= {arXiv preprint arXiv:1912.06306},
year = {2019}
}