从氨基酸序列预测天然蛋白质结构的残基智能接触序
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
残基智能接触序（RWCO）是一种代表长程接触程度的一维蛋白质结构。我们最近表明，三类一维结构（二级结构、接触数及 RWCO）的集合包含重建蛋白质三维结构的充分信息。目前存在从氨基酸序列预测二级结构和接触数的方法，但尚无针对 RWCO 的方法。此外，影响 RWCO 的氨基酸性质尚未明确理解。本文中，我们提出一种基于线性回归的方法从氨基酸序列预测 RWCO，并分析回归参数以识别与 RWCO 相关的性质。本方法在天然与预测 RWCO 间平均达到 0.59 的显著相关性。RWCO 预测的一个异常特征是其显著大的最优半窗口尺寸 26 个残基。局部序列片段的中心及近中心残基的回归参数与接触数预测的相应参数高度相关，因此也与疏水性高度相关。
引用
@article{arxiv.q-bio/0501015,
title = {Predicting Residue-wise Contact Orders of Native Protein Structure from Amino Acid Sequence},
author = {Akira R. Kinjo and Ken Nishikawa},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0501015},
year = {2007}
}
备注
22 pages, 5 figures, 2 tables, manuscript submitted