AmoebaContact 与 GDFold：一种用于快速蛋白质结构预测的新流程
生物大分子
2019-05-29 v1
摘要
残基间的天然接触可由蛋白质的氨基酸序列预测，且预测的接触信息可辅助蛋白质从头结构预测。在此，我们提出一种由残基接触预测器 AmoebaContact 和接触辅助折叠器 GDFold 组成的新型流程，用于快速蛋白质结构预测。与利用人工设计神经网络的主流接触预测器不同，AmoebaContact 采用一组通过自动搜索发现对接触预测最优的网络架构，并在一系列截断值下预测残基接触。与仅使用得分最高接触对的传统接触辅助折叠器不同，GDFold 在可微损失函数中考虑来自 AmoebaContact 预测结果的所有残基对，并使用梯度下降算法优化原子坐标。AmoebaContact 与 GDFold 的结合允许快速重建蛋白质结构，其模型质量可与最先进的蛋白质结构预测方法相媲美。
引用
@article{arxiv.1905.11640,
title = {AmoebaContact and GDFold: a new pipeline for rapid prediction of protein structures},
author = {Wenzhi Mao and Wenze Ding and Haipeng Gong},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.11640},
year = {2019}
}