基于有效连接性剖面的蛋白质结构随机重建
生物物理
2009-01-20 v1
摘要
我们讨论了一种随机方法，用于从“有效连接性”知识重建蛋白质的天然结构，该有效连接性是一种一维结构剖面，由目标结构接触图谱的特征向量的线性组合构建而成。该结构剖面用于在蒙特卡洛方案中，对均匀有限厚度的C_α链进行构象空间搜索时，引导其朝向目标结构。因此，结构信息通过有效连接性进入折叠动力学，但相互作用不限于形成天然接触的氨基酸对，从而产生一个不依赖于最小挫折假设的自由能景观。此外，与相应的接触图谱相比，有效连接性向量更容易从蛋白质的氨基酸序列中预测，这表明本文提出的随机协议可以有效地与当前其他预测天然结构的方法相结合。
引用
@article{arxiv.0901.2878,
title = {Stochastic reconstruction of protein structures from effective connectivity profiles},
author = {Katrin Wolff and Michele Vendruscolo and Markus Porto},
journal= {arXiv preprint arXiv:0901.2878},
year = {2009}
}
备注
13 pages, 8 figures