从接触图恢复蛋白质结构
软凝聚态物质
2008-02-03 v1 q-bio
摘要
我们提出了一种有效的算法，可以从蛋白质的接触图表示中恢复其三维结构。首先，我们表明当使用物理上可实现的图作为目标时，我们的方法生成的结构其接触图与目标基本相似。此外，重建结构和原始结构在接触图表示的分辨率范围内是相似的。接下来，我们使用通过破坏物理图而获得的非物理目标图；在这种情况下，我们的方法基本上恢复了潜在的物理图和结构。因此，我们的算法将有助于利用接触图空间中的动力学进行蛋白质折叠。最后，我们研究了当接触数量减少时，恢复结构质量下降的方式。
引用
@article{arxiv.cond-mat/9705211,
title = {Recovery of Protein Structure from Contact Maps},
author = {Michele Vendruscolo and Edo Kussell and Eytan Domany},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9705211},
year = {2008}
}
备注
27 pages, RevTex, 12 figures included