用于区分原生蛋白质与诱饵的简化蛋白质模型的势函数：结合接触相互作用与局部序列依赖几何

有效势函数对于蛋白质结构预测和折叠模拟至关重要。对于仅需指定$C_\alpha$原子坐标的简化蛋白质模型，准确的势函数十分重要。此类简化模型对于构象空间的高效搜索必不可少。本工作中，我们提出一种用于蛋白质结构简化表示的势函数公式。它基于由残基-残基接触和序列依赖局部几何导出的描述符之组合。接触与局部几何的最优权重系数通过最大化原生与诱饵结构间间隔的优化获得。后者由链增长和无间隙穿线生成。该势函数在从诱饵中判别原生蛋白质结构的盲测中的性能使用若干基准诱饵集评估。该势函数具有与几种基于残基的势函数可比或更好的性能，而那些势函数还需侧链中心坐标或所有侧链原子坐标。