特异性高亲和力反应肽的设计与生产

背景：我们开发了一种部分随机靶标选择方法，用于设计和生产针对任何蛋白质查询的亲和试剂（靶标）。该方法基于最近提出的蛋白质组编码概念（综述见Biro, 2007 [1]），该概念表明，在特异性相互作用的蛋白质中，有相当数量的氨基酸由部分互补的密码子编码。这意味着编码许多共定位氨基酸的密码子的第一和第三残基是互补的，但第二残基可能互补也可能不互补：例如5'-AXG-3'/3'-CXT-5'密码子对，其中X是任意核苷酸。结果：针对查询mRNA序列的选定表位，合成了由45个残基长的反向部分互补寡核苷酸序列（靶标库）组成的混合物。密码子的第二残基被随机化。将靶标寡核苷酸库插入载体，表达，并在细菌双杂交系统中筛选其蛋白产物与查询物的亲和力。最佳克隆用于更大规模的蛋白质合成和表征。我们能够设计和生产针对GAL4查询寡肽的特异性高亲和力反应（Kd: 100 nM）寡肽试剂。结论：第二密码子残基随机化是一种有前景的方法，可用于设计和生产针对任何蛋白质序列的亲和肽。该方法有潜力成为当前体内抗体生成程序的快速、廉价、高通量、非免疫球蛋白的替代方案。