几何分子键的设计
信息论
2017-02-14 v4 计算几何
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分子网络
摘要
非特异分子键的一个例子是任意正电荷对任意负电荷的亲和（异类相吸），或在水溶液中非极性物质对自身的亲和（同类相吸）。这与特异性键形成对比，例如DNA碱基A对T的亲和，而非对C、G或另一个A。DNA纳米技术近期的实验突破表明，一种特定的非特异同类键（“平末端DNA堆叠”，发生在任意一对DNA双螺旋的末端之间）可通过许多非特异平末端的精心几何排列来创建特异的“宏键”，这催生了对正交宏键集合的需求：即便错位，两个不打算结合的宏键也应具有相对较低的结合强度。为满足该需求，我们引入了几何正交码，将工程化的DNA宏键抽象建模为二维二进制码字。尽管受完全不同的应用所驱动，几何正交码与Chung、Salehi和Wei研究的光学正交码具有相似特征。主要技术差异在于二维几何在定义码字正交性中的重要性。
引用
@article{arxiv.1602.01600,
title = {Design of Geometric Molecular Bonds},
author = {David Doty and Andrew Winslow},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.01600},
year = {2017}
}
备注
Accepted to appear in IEEE Transactions on Molecular, Biological, and Multi-Scale Communications