几何组合学与计算分子生物学：RNA序列的分支多面体
生物大分子
2016-06-17 v2
摘要
计算分子生物学中的问题产生了各种离散优化问题，例如DNA序列比对和RNA二级结构预测。然而，最优解从根本上依赖于目标函数中使用的参数。参数分析的目标是阐明这种依赖性，特别是涉及最优解的准确性和鲁棒性的方面。来自几何组合学的技术，包括多面体及其法丛，先前已被用于对DNA序列比对和RNA分支构型的简单模型进行参数分析。在此，我们提出一个新的计算框架和原理验证结果，其给出了针对真实RNA序列的二级结构预测的最近邻热力学模型中分支部分的首次完整参数分析。
引用
@article{arxiv.1509.04090,
title = {Geometric combinatorics and computational molecular biology: branching polytopes for RNA sequences},
author = {Elizabeth Drellich and Andrew Gainer-Dewar and Heather A. Harrington and Qijun He and Christine Heitsch and Svetlana Poznanović},
journal= {arXiv preprint arXiv:1509.04090},
year = {2016}
}
备注
17 pages, 8 figures