论 RNA 分支多面体的结构
生物大分子
2017-08-21 v1
摘要
单序列 RNA 二级结构预测的普遍方法是基于最近邻热力学模型 (NNTM) 的自由能最小化。该模型中发展最不完善的部分之一是分配给多分支环的能量函数。可以进行参数分析以阐明预测对 NNTM 中所用分支参数的依赖性。由于目标函数是线性的，这归结为分析分支多面体的正规扇。在此我们表明，由于 NNTM 下多分支环的评分方式，某些分支模式对所有序列都是可能的。我们通过考察正规扇的相关部分所获得的参数空间的主导部分来做到这一点；因此，我们得出结论，自然界中通常发现的结构是在相对较小的参数集下获得的。
引用
@article{arxiv.1708.05554,
title = {On the structure of RNA branching polytopes},
author = {Fidel Barrera-Cruz and Christine Heitsch and Svetlana Poznanović},
journal= {arXiv preprint arXiv:1708.05554},
year = {2017}
}