利用 sketch-map 探测 β-发夹的展开构型
化学物理
2023-06-16 v1
摘要
本工作通过先进的分子动力学模拟与降维方法考察了 β-发夹折叠所涉及的构象系综。研究采用了蛋白质及周围溶剂分子的全原子描述，并利用并行回火元动力学模拟对该复杂能量地形进行采样。所探索的构型系综使用最近提出的 sketch-map 算法进行分析。进一步的模拟使我们能够探究突变如何影响该蛋白质所采取的构型。我们发现，突变体所采取的许多构型与野生型蛋白质相同。此外，某些突变通过阻止氢键形成或促进新的分子内接触形成，使含二级结构的构型失稳。我们的分析表明，机器学习技术可用于研究复杂分子的能量地形，并且以此方式生成的可视化为考察分子特定构型的稳定性如何受温度或结构突变等因素影响提供了自然基础。
引用
@article{arxiv.2306.08429,
title = {Probing the unfolded configurations of a $\beta$-hairpin using sketch-map},
author = {Albert Ardevol and Gareth A. Tribello and Michele Ceriotti and Michele Parrinello},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.08429},
year = {2023}
}
备注
Pre-print of doi:10.1021/ct500950z, reproduced with permission from the ACS