重组中性 Wright-Fisher 模型下染色体无痕丢失的概率
种群与进化
2012-05-21 v7 概率论
基因组学
摘要
我描述了一个解析近似，用于计算在带有重组的 Wright-Fisher 中性模型下染色体丢失的短期概率。我还给出了该概率的上界和下界。该量的精确解析计算是困难且计算代价高昂的，因为在存在重组的情况下，染色体可能丢失的不同方式数量会变得非常大。模拟表明，只要世代数保持较小，使用我的近似公式获得的概率总是与真实期望值相当。这些结果在我们最近开发的用于正向模拟 Wright-Fisher 种群的算法背景下非常有用。可高效计算这些公式的 C++ 程序可应要求提供。
引用
@article{arxiv.1006.0519,
title = {Probability that a chromosome is lost without trace under the neutral Wright-Fisher model with recombination},
author = {Badri Padhukasahasram},
journal= {arXiv preprint arXiv:1006.0519},
year = {2012}
}
备注
Additional Information, Padhukasahasram et al. 2008, Genetics, FORWSIM algorithm