疏水-极性格点模型蛋白质表面吸附的普适折叠与转变层级
软凝聚态物质
2013-01-16 v1 统计力学
生物物理
计算物理
生物大分子
摘要
本文利用 Wang-Landau 抽样研究了与吸引表面相互作用的疏水-极性 (HP) 格点蛋白质的热力学行为和结构性质。考虑了三个基准 HP 序列（48聚体、67聚体和103聚体）与不同类型的表面相互作用，各表面分别吸引所有单体、仅吸引疏水 (H) 单体或仅吸引极性 (P) 单体。讨论了依赖于表面强度的折叠行为的多样性。通过分析各种结构观测量的组合模式（例如表面接触数的导数）与比热，我们能够识别出普适的折叠与转变层级类别。我们还推断出这些转变类别与相对表面强度（即表面吸引强度与 H 单体间链内吸引力的比值）之间的联系。通过对额外基准序列的分析，进一步证实了我们所提出的分类方案的有效性。因此，我们认为这种折叠层级和识别方案对于与吸引表面相互作用的 HP 蛋白质是普适的，无论其链长、序列或表面吸引力如何。
引用
@article{arxiv.1301.3462,
title = {Generic folding and transition hierarchies for surface adsorption of hydrophobic-polar lattice model proteins},
author = {Ying Wai Li and Thomas Wüst and David P. Landau},
journal= {arXiv preprint arXiv:1301.3462},
year = {2013}
}
备注
12 pages, 5 figures, 3 tables