晶格 HP 蛋白质的表面吸附：使用 Wang-Landau 抽样研究热力学与结构转变
软凝聚态物质
2013-01-16 v1 统计力学
生物物理
计算物理
生物大分子
摘要
本文应用 Wang-Landau 抽样研究了与吸引性基底相互作用的晶格疏水-极性异聚物（即 HP 蛋白质模型）的热力学与结构性质。为简便起见，我们考虑一条仅由 36 个单体组成的短 HP 序列，这些单体与一个吸引序列中所有单体的基底相互作用。通过对比热容和合适的结构观测量的正则分析，识别了构象“相变”。我们观察到了三种主要“转变”，即吸附、疏水核心形成以及吸附结构的“扁平化”。根据表面吸引力相对于 H 单体之间蛋白质内吸引力的相对强弱，这些过程在降温时以不同的顺序发生。
引用
@article{arxiv.1301.3458,
title = {Surface adsorption of lattice HP proteins: Thermodynamics and structural transitions using Wang-Landau sampling},
author = {Ying Wai Li and Thomas Wüst and David P. Landau},
journal= {arXiv preprint arXiv:1301.3458},
year = {2013}
}
备注
11 pages, 5 figures. Conference on Computational Physics (CCP 2011) Proceedings