HIV病毒进入抑制剂T-肽的折叠分子动力学模拟：结构、动力学及与实验数据的比较
生物大分子
2022-04-12 v1
摘要
T肽是一种合成八肽片段，对应于gp120 HIV外壳蛋白的185-192区域，并作为病毒进入抑制剂发挥作用。本工作中，我们在模拟膜环境（DMSO）溶液中对T肽进行了折叠分子动力学模拟，旨在表征该肽的结构与动力学性质。我们表明T肽具有高度柔性与动态性。观察到的主要结构特征为快速互变的短螺旋段与转角，其中明显偏好形成 -转角。模拟还表明C末端部分似乎比肽的其余部分更稳定，残基5-8最偏好的构象为 -转角。为验证模拟的准确性，我们将结果与在相同溶剂中获得的T肽实验NMR数据进行比较。与模拟一致，NMR数据表明溶液中存在偏好结构，其与包含四个C末端残基的 -转角一致。实验与模拟推导的化学位移之间的进一步比较也显示出实验与模拟间的合理吻合，进一步验证了模拟推导的T肽结构表征。
引用
@article{arxiv.2112.14185,
title = {Folding molecular dynamics simulation of T-peptide, a HIV viral entry inhibitor : Structure, dynamics, and comparison with the experimental data},
author = {Ioanna Gkogka and Nicholas M. Glykos},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.14185},
year = {2022}
}