原子模拟揭示的抗菌肽协同滚动与膜穿透
生物大分子
2021-11-05 v1 生物物理
摘要
具有抗菌活性的短肽在治疗细菌感染方面具有潜力。抗菌肽的作用机制需要结合其靶标的生物膜，这通常代表一个关键机制步骤。已开发大量数据驱动方法来预测潜在的抗菌肽序列；然而，这些方法通常忽略了肽与膜之间的物理相互作用。为开发更高通量筛选方法，此处我们使用马尔可夫态建模和全原子分子动力学模拟来量化三种原型抗菌肽（α-螺旋magainin 2和PGLa以及β-发夹tachyplesin 1）的膜结合和插入动力学。通过利用一组捕获两亲性和阳离子肽-膜相互作用本质物理的集体变量，我们揭示了膜插入的最慢动力学过程是肽从预结合到完全插入状态的动态滚动。这些结果补充了抗菌肽如何插入细菌膜的关键细节。
引用
@article{arxiv.2111.02465,
title = {Concerted Rolling and Membrane Penetration Revealed by Atomistic Simulations of Antimicrobial Peptides},
author = {Jacob M. Remington and Jonathon B. Ferrell and Jianing Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2111.02465},
year = {2021}
}