含 Asn-Gly 七肽形成 β-转角结构的倾向性：从头算量子力学计算与分子动力学模拟的比较
生物大分子
2021-01-07 v2
摘要
分子力学与量子力学计算均在描述分子的行为与结构中发挥重要作用。本工作中，我们对相同的肽体系比较了折叠分子动力学模拟所得结果与先前报道的量子力学计算结果。更具体地，为研究三个含 Asn-Gly 七肽的折叠与动力学，在显式水溶剂中对其各进行了 5 μs 的分子动力学模拟。基于量子力学计算与 DFT 方法的先前数据表明，这些肽在水溶液中采取 β-转角结构，其中 I' 型 β-转角为最偏好基序。我们的分析结果表明，对给定体系两种方法的预测存在分歧。我们检验了力场相关缺陷作为观测差异可能来源的可能性。
引用
@article{arxiv.2002.11013,
title = {On the propensity of Asn-Gly-containing heptapeptides to form $\beta$-turn structures : comparison between ab initio quantum mechanical calculations and Molecular Dynamics simulations},
author = {Dimitrios A. Mitsikas and Nicholas M. Glykos},
journal= {arXiv preprint arXiv:2002.11013},
year = {2021}
}
备注
In the supplementary information file figures S5, S6 and S7 the $\beta$-turn occupancies were wrong. They have been corrected