水溶液中超分子聚合物的加速原子模拟
软凝聚态物质
2018-04-20 v2 化学物理
摘要
全原子分子动力学近来已被证明是研究超分子聚合物的有用工具。尽管原子模型提供的高分辨率可能有助于深入理解组装结构，但获得这些软物质组装体在水溶液中的可靠平衡构型仍是一项挑战，主要源于原子系统的复杂性及其平衡所需的长模拟时间。在此，我们在一个水溶性的 1,3,5-苯三甲酰胺（BTA）超分子聚合物的原子模型上测试了两种知名的先进模拟方法（加速分子动力学与元动力学），并将所得数据与经典分子动力学进行比较。我们的结果表明，两种方法都可非常有效地加速溶液中超分子纤维的平衡。此外，我们证明以恰当方式组合这两种方法可兼顾二者优势，相比经典模拟能以更快且可重复的方式提供 BTA 超分子聚合物的平衡构型。该方法的通用性表明其可适用于模拟多种超分子聚合物及不同类型的超分子组装体。
引用
@article{arxiv.1803.10491,
title = {Accelerated Atomistic Simulations of a Supramolecular Polymer in Water},
author = {Davide Bochicchio and Giovanni M. Pavan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.10491},
year = {2018}
}