元动力学模拟中利用浮动邻近结构加速均方距离计算
计算工程、金融与科学
2018-01-09 v1 分布式、并行与集群计算
数值分析
摘要
分子动力学模拟原子的运动。由于其高昂代价，已发展出许多方法以“推动模拟前进”。其中，元动力学可借助描述模拟过程的变量来加速分子动力学。然而，这些变量的求值可能包含大量均方距离计算，带来可观的计算需求，从而危及该方法的益处。最近，我们提出了一种近似方法，可显著减少此类距离计算的次数。在此我们评估了其在两个分子体系上的性能与可扩展性。我们基于距离计算次数的减少与阿姆达尔定律评估了最大理论加速比，并将其与我们的实现所取得的实际加速比进行比较。
引用
@article{arxiv.1801.02362,
title = {Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations},
author = {Jana Pazúriková and Jaroslav Oľha and Aleš Křenek and Vojtěch Spiwok},
journal= {arXiv preprint arXiv:1801.02362},
year = {2018}
}
备注
22 pages, 5 figures