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两态蛋白质量热协同性的有限尺寸效应

生物大分子 2009-11-10 v1 定量方法

摘要

使用含和不含侧链的 Go 晶格模型,考虑了有限尺寸效应对两态蛋白质折叠-去折叠转变的量热协同性的影响。我们表明,对于不含侧链的模型,量热协同性的无量纲度量 kappa2(定义为范特霍夫焓与量热焓之比)不依赖于氨基酸数目 N。kappa2 的平均值约为 3/4,低于实验值 kappa2=1。对于含侧链的模型,kappa2 随着 kappa2 \sim N^mu 趋近于 1,其中指数 mu=0.17。在临界链长 Nc=135 以上,这些模型可以模拟真正的全有或全无折叠-去折叠转变。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0412008,
  title  = {Finite size effects on calorimetric cooperativity of two-state proteins},
  author = {Mai Suan Li and D. K. Klimov and D. Thirumalai},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0412008},
  year   = {2009}
}

备注

3 eps figures. To appear in the special issue of Physica A