基于 SNP 等位基因频率的协方差结构估计
统计方法学
2022-05-18 v2
摘要
我们提出两个新统计量 V 和 S，以从 SNP 频率数据中厘清相关种群的种群历史。如果种群通过树相关联，我们通过理论手段和模拟表明，与标准统计量（如观测到的 F2 统计量矩阵，即种群对之间的距离）相比，新统计量能够正确识别树的根。统计量 V 通过对所有 SNP 取平均获得（类似于标准统计量）。其期望是观测种群 SNP 频率的真实协方差矩阵，偏移一个各元素相同的矩阵。相反，统计量 S 被置于贝叶斯框架下，通过对 SNP 对取平均获得，使得每个 SNP 仅被使用一次。因此它利用了 SNP 对的联合分布。此外，我们提供了关于新旧统计量及其相互关系的若干新的数学结果。
引用
@article{arxiv.2201.09098,
title = {Estimation of the covariance structure from SNP allele frequencies},
author = {Jan van Waaij and Zilong Li and Carsten Wiuf},
journal= {arXiv preprint arXiv:2201.09098},
year = {2022}
}
备注
In this new version we added the proof that the operator norm of -D/2 is exactly square root of m