基于全基因组等位基因频率数据推断种群分裂与混合
种群与进化
2012-11-20 v1
摘要
物种内种群间历史关系的许多方面都反映在遗传数据中。然而，从遗传数据中推断这些关系仍然是一项具有挑战性的任务。在本文中，我们提出了一种统计模型，用于推断多个种群中的种群分裂与混合模式。在该模型中，一个物种内被采样的种群通过一个祖先种群图与其共同祖先相联系。利用全基因组等位基因频率数据和对遗传漂变的高斯近似，我们推断该图的结构。我们将该方法应用于 55 个人类种群和 82 个犬种及野生犬科动物数据集。在这两个物种中，我们都表明简单的二叉树并不能完整描述数据；相反，我们推断出了许多迁移事件。在我们发现的迁移事件中，有一些此前已被检测到，但许多是此前未知的。例如，在人类数据中，我们推断柬埔寨人约 16% 的血统可追溯至其他现存东亚种群的祖先种群。在犬类数据中，我们推断拳师犬和巴仙吉犬在驯化后均有相当大比例的血统（分别为 9% 和 25%）可追溯至狼，并且东亚玩赏犬（西施犬和北京犬）是现代玩赏犬与“古老”亚洲犬种混合的结果。实现本文所述模型的软件名为 TreeMix，可在 http://treemix.googlecode.com 获取。
引用
@article{arxiv.1206.2332,
title = {Inference of population splits and mixtures from genome-wide allele frequency data},
author = {Joseph K. Pickrell and Jonathan K. Pritchard},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.2332},
year = {2012}
}
备注
28 pages, 6 figures in main text. Attached supplement is 22 pages, 15 figures. This is an updated version of the preprint available at http://precedings.nature.com/documents/6956/version/1