利用长共享单倍型对空间异质种群进行人口统计推断
概率论
2023-06-14 v3
摘要
我们引入一种修正的空间 -Fleming-Viot 过程来建模占据连续空间栖息地、且由扩散率和有效种群密度的急剧不连续性划分为两个区域的种群中个体的祖先关系。我们推导了依赖于两个个体采样位置的共享单倍型片段期望数的解析公式。该公式涉及偏斜扩散的转移密度，其作为该模型中个体祖先谱系的缩放极限而出现。随后我们表明，利用复合似然方法，该公式可用于推断两个区域的扩散参数和有效种群密度，并在一系列模拟数据集上证明了该方法的有效性。
引用
@article{arxiv.1711.01648,
title = {Demographic inference for spatially heterogeneous populations using long shared haplotypes},
author = {Raphael Forien and Harald Ringbauer and Graham Coop},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.01648},
year = {2023}
}