局部祖先的群体遗传学模型
种群与进化
2012-04-26 v2 基因组学
摘要
迁移在塑造人类群体遗传多样性方面发挥了重要作用。因此，理解基因组数据需要对历史基因流进行仔细建模。在此，我们考虑相对近期的群体结构和基因流的影响，并将具有多个源群体祖先的个体基因组解释为由源自各群体的片段组成的嵌合体。我们提出了通用且易处理的模型，用于描述这些局部祖先模式的演化及其对遗传多样性的影响。我们重点关注连续祖先片段（ancestry tracts）的长度分布，以及个体间总祖先比例的方差。与最先进（state-of-the-art）的模型相比，所提出的模型与 Wright-Fisher 模拟数据表现出更好的一致性，并可用于推断基因流模型中的各种人口统计学参数。通过分析 HapMap 非裔美国人（ASW）数据，我们发现，包含两个不同阶段“欧洲”基因流的模型显著改进了对片段长度和祖先方差的建模。
引用
@article{arxiv.1202.4811,
title = {Population genetics models of local ancestry},
author = {Simon Gravel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.4811},
year = {2012}
}
备注
25 pages with 7 figures; Genetics: Published online before print April 4, 2012