受限效应对简单伊辛类模型中热稳定性与折叠动力学的影响
生物物理
2012-02-09 v2 软凝聚态物质
统计力学
生物大分子
摘要
在细胞环境中，受限与大分子拥挤对蛋白质的热稳定性与折叠动力学起着重要作用。我们采用广义的 Wako-Saito-Munoz-Eaton 蛋白质折叠模型，研究了被限制在两壁之间的六种不同蛋白质结构的动力学行为。通过改变两壁之间的距离 2R，我们发现与以往研究一致，存在两种受限机制：从较大的 R 开始减小 R，只要折叠态是紧凑的且 R 未降至某特定值，受限首先增强折叠态的稳定性；随后 R 的进一步减小会导致折叠温度与折叠速率的降低。我们发现，在低受限机制下，去折叠温度与折叠速率的对数均按 R^{-\gamma} 标度，其中 \gamma 值介于 1.42 与 2.35 之间。
引用
@article{arxiv.1112.1193,
title = {Effects of confinement on thermal stability and folding kinetics in a simple Ising-like model},
author = {Michele Caraglio and Alessandro Pelizzola},
journal= {arXiv preprint arXiv:1112.1193},
year = {2012}
}