大分子拥挤效应对蛋白质折叠稳定性与动力学影响的理论与模拟
软凝聚态物质
2009-02-27 v1 统计力学
摘要
我们利用纯排斥拥挤粒子和蛋白质折叠的自组织聚合物模型，研究了大分子拥挤对蛋白质折叠的影响。我们发现，对于典型的α、β和α/β蛋白质，折叠热力学很好地由标度粒子理论(SPT)的改编版本描述。在该方法中，天然态、过渡态和未折叠蛋白质被处理为有效硬球，其半径大致独立于拥挤剂的尺寸和浓度。同一模型无需可调参数即可预测拥挤对折叠势垒以及因此对重折叠速率的影响。SPT模型的一个简单扩展(假设可加性)也可以描述拥挤剂混合物的行为。
引用
@article{arxiv.0902.4648,
title = {Theory and simulation of macromolecular crowding effects on protein folding stability and kinetics},
author = {Jeetain Mittal and Robert B. Best},
journal= {arXiv preprint arXiv:0902.4648},
year = {2009}
}