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大分子拥挤对生物聚合物塌缩的影响

软凝聚态物质 2016-12-28 v2 生物物理 生物大分子

摘要

实验表明,即使在体积分数 (ϕ\phi) 与细胞质中相似的情况下,大分子拥挤也仅适度减小了固有无序蛋白 (IDPs) 的尺寸,而 DNA 则在非常小的 ϕ\phi 下发生线团 - 球粒转变。我们通过结合标度论证和模拟表明,聚合物尺寸 Rg(ϕ)\overline{R}_g(\phi) 依赖于 x=Rg(0)/Dx = \overline{R}_g(0)/D,其中 DD 是依赖于 ϕ\phi 的拥挤剂之间的距离。如果 xO(1)x\lesssim \mathcal{O}(1),随着 ϕ\phi 增加,Rg(ϕ)\overline{R}_g(\phi) 仅略有减小。当 xO(1)x\gg \mathcal{O}(1) 时,则诱导发生协同线团 - 球粒转变。我们的理论定量地解释了大量实验结果。

关键词

引用

@article{arxiv.1409.5663,
  title  = {Effects of macromolecular crowding on the collapse of biopolymers},
  author = {Hongsuk Kang and Philip A. Pincus and Changbong Hyeon and D. Thirumalai},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1409.5663},
  year   = {2016}
}

备注

7 pages 5 figures, accepted in Phys. Rev. Lett