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分解位点频谱:树拓扑对中性检验的影响

种群与进化 2017-01-16 v2 基因组学

摘要

我们研究位点频谱(SFS)对系谱树拓扑结构的依赖性。我们表明基本群体遗传统计量——例如θ的估计量或诸如Tajima's D的中性检验——可分解为溯祖事件间等待时间与树拓扑的分量。我们的结果厘清了这两个分量对这些统计量的相对影响。我们针对一类重要中性检验的正或负值,基于底层树形给出了严格解释。特别地,我们展示Tajima's D与Fay and Wu's H的值以直接方式依赖于一种特殊的树平衡度量,其主要由树的根平衡决定。我们提出一个与Fay and Wu's H同类的新的选择检验,并讨论其解释与功效。最后,我们确定了对应于这些中性检验极端期望值的树,并给出这些极值作为样本量与分离位点数的函数的公式。

关键词

引用

@article{arxiv.1510.06748,
  title  = {Decomposing the site frequency spectrum: the impact of tree topology on neutrality tests},
  author = {Luca Ferretti and Alice Ledda and Guillaume Achaz and Thomas Wiehe and Sebastian E. Ramos-Onsins},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1510.06748},
  year   = {2017}
}

备注

23 pages, 8 figures