评估固定树拓扑假设在谱系动力学推断中的有效性
种群与进化
2025-12-01 v1
摘要
固定树拓扑在谱系动力学分析中广泛用于减少计算负担，然而这一假设的后果尚未得到充分理解。本文系统评估了 various fixed-topology strategies on phylogenetic and phylodynamic parameter estimates across a diverse set of viral datasets. 我们将全贝叶斯联合推断与固定拓扑策略进行比较，包括基于最大似然树进行条件化，再使用 LSD 或 TreeTime 进行时间标化。我们的分析表明，Substitution 和 site 模型的全局参数对固定拓扑假设鲁棒，而依赖于树的时间结构的参数，如分子钟速率、节点年龄和人口史参数，则可能 exhibits substantial biases. 虽然我们将不受约束的贝叶斯分析视为参考，但我们认识到这些分析本身也是基于模型的近似。然而，我们的结果凸显了固定拓扑与实际结果之间严重的不一致性，强调需要更快、具时序性的方法来同时整合拓扑和参数估计。这一发现对谱系研究中计算效率与推断准确性之间的平衡提出了重要问题。
引用
@article{arxiv.2511.22005,
title = {Assessing the Validity of the Fixed Tree Topology Assumption in Phylodynamic Inference},
author = {Mathieu Fourment and Jiansi Gao and Marc A Suchard and Frederick A Matsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2511.22005},
year = {2025}
}