淀粉样纤维成核中的聚集体几何
生物物理
2013-03-12 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
我们提出并研究了一个基于结构的最小模型，用于肽自组装成有序的富含 beta 折叠的纤维。肽在立方格子上表示为单位长度的棍，通过氢键和疏水性相互作用。通过包含 >100,000 个肽的 Monte Carlo 模拟，我们表明在该模型中纤维形成呈 S 型动力学。为了确定纤维成核的机制，我们使用高效的团簇移动和平坦直方图技术计算了平衡时聚集体长度和宽度的联合分布。这一分析基于包含 256 个肽的模拟（其中聚集体可逆地形成和溶解），表明新生纤维必须克服的主要自由能垒与宽度的变化有关。
引用
@article{arxiv.1303.2204,
title = {Aggregate geometry in amyloid fibril nucleation},
author = {A. Irbäck and S. Æ. Jónsson and N. Linnemann and B. Linse and S. Wallin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.2204},
year = {2013}
}
备注
4 pages